Padrões de expressão de genes diferencialmente expressos (DEGs) regulados pelo MYC em linhagens de câncer gástrico

Título: Avaliação da atividade antineoplásica das drogas Meformina e Mebendazol isoladas e em associação em linhagem celular do câncer gástrico

Aluno: Carla Mariana Ferreira Pessoa

Local: Auditório do NPO

Data: 30/11/2018

Horário: 11h

Resumo:

MYC é um oncogene responsável por excessivo crescimento celular no câncer, permitindo a ativação transcricional de genes envolvidos na regulação do ciclo celular, metabolismo e apoptose, sendo geralmente superexpressado no Câncer Gástrico (CG). Utilizando siRNA e Sequenciamento de Nova Geração (NGS: Next-Generation Sequecing, em inglês), identificamos Genes Diferencialmente Expressos (DEGs) regulados por MYC em três linhagens celulares brasileiras de CG representado pelos subtipos histológicos (difuso, intestinal e metastático), e posteriormente integramos esses dados com um enriquecimento gênico computacional com a ferramenta GSEA (Gene Set Enrichment Analysis). Identificamos um total de 5.471 DEGs com uma correlação alta de (80%). Nas linhagens celulares de CG dos tipos difuso e metastático, o silenciamento por MYC causou o aumento da quantidade de DEG downregulation (expressão diminuída), enquanto na linhagem do tipo intestinal exibiu a maior quantidade de DEGs com um perfil upregulation (expressão aumentada) de DEGs após a depleção de MYC usando siRNA. Foram encontrados 11 conjuntos significativos de genes enriquecidos usando os dados de nossas amostras sequenciadas contra a coleção hallmark gene set, que foram principalmente enriquecidos nas seguintes categorias de processos: proliferação, via, sinalização metabólica e dano ao DNA. As métricas do escore de enriquecimento, taxa de falsa descoberta e valores de P-values nominais foram utilizadas. Posteriormente, os DEGs foram enriquecidos nas vias metabólicas da base de dados do KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), 12 vias enriquecidas comuns às três linhagens do CG que acrescentaram uma diversidade de funções biológicas, e três delas eram comuns a todas as três linhagens celulares: proteólise mediada por ubiquitina, ribossomos, sistema e sinalização de células epiteliais em infecção por Helicobacter pylori. Neste estudo, as linhagens celulares de CG compartilham 14 genes regulados pelo MYC, mas o seu perfil de expressão gênica é diferente para cada subtipo histológico. Portanto, os resultados da análise in silico deste estudo revelaram as assinaturas de expressão relacionadas ao MYC no CG. Com isso, apresentamos evidências de que essas linhagens celulares de CG, representadas pelos subtipos histológicos distintos, têm diferentes perfis de expressão regulados pelo MYC, mas compartilham um núcleo comum de genes com perfis alterados. Esse é um passo importante para o entendimento do papel do MYC na carcinogênese gástrica, e também uma indicação de prováveis novos alvos de drogas em câncer de estômago.

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